今年是YAMAHA的50歲生日，於是推出上圖的紀念塗裝款式。
今年還有SP限量版。
前後Öhlins懸吊、Marchesini鍛造輪框、滑動式離合器等好料全裝上了車，排氣管改成淡金色的囂張塗裝。歐洲只有如圖所示的槍管藍色塗裝（美國另有50週年紀念版配色），限量1330輛（歐洲500輛、其他地區830輛）。
YZF-R1 五代（2007～2008）：180匹（186匹 Ram Air）/177公斤照慣例車架後搖臂都會一直改，就不多說了。
比較大的改變是採用「G.E.N.I.C.H.」（Genesis in Electronic engineering aimed at New, Innovative Control technology based on Human sensibilities）概念，落落長的英文，簡單來說就是「以人為本的電子輔助設備」。
「G.E.N.I.C.H.」導入了YCC-I（YAMAHA Chip Control-Intake 可變進氣歧管）與YCC-T（YAMAHA Chip Control-Throttle 電子式油門）。
YCC-I就是將進氣管分成上下兩段，低轉速時上下兩段結合，形成較長的進氣管；約9400轉的高轉速時把上下兩段方開，形成只有下段、長度變短的進氣管。這樣可以改變進氣阻力與慣性，增加進氣的效率。可以參閱本網誌另一篇文章「汽機車四行程引擎介紹2：進氣系統」來瞭解其原理。
電子油門就是騎士轉動油門握把時，會產生電子控制訊號，電腦分析後再由電腦去控制引擎節氣閥的開度，而不是傳統上用鋼索去連結油門握把與節氣閥。由電腦判斷騎士的操作是否會影響車子的穩定，如果程式寫的好，騎士不會感覺到電腦在動手腳，而是會覺得自己的技術變很好，以符合「G.E.N.I.C.H.」的理念。
相反的，DUCATI的同類引擎管理系統是在點火系統動手腳，騎士就會知道電腦在在多管閒事哩！
配合「G.E.N.I.C.H.」，引擎也做了修改，廢除5氣門，改回傳統的4氣門構造，並將滑動式離合器列為標準配備。
制動方面是把前卡鉗換成對6卡鉗，碟盤也從320mm改成310mm。
雙子星卡鉗（4活塞）變成三子星卡鉗（6活塞），不過星星移到卡鉗背面去了，感覺把卡鉗的特色弄掉了，一直到2015年大改款，才又換成星星在外面的雙子星卡鉗。
外觀上的改變，最重要的是修改了整流罩的造型，改善以往所為人詬病的「引擎熱氣排放」問題。這個冷空氣導流設計，也被其他車廠拿去利用哩。
2006之前的側殼很漂亮，但會導致熱氣直接衝到騎士腳上；2007在側殼上部設計導流板，引導冷空氣與引擎熱氣混合以降低溫度，減少引擎熱氣對騎士的影響。
YZF-R1 六代（2009～2011）：182匹/206公斤（第六代以後是標示濕重）首度把魚眼大燈與定位燈，塞入衝壓進氣孔裡面，創造出更為兇狠的面相。後來Ducati 1199也是採取類似的設計概念。最大的改變，莫過於首次在市售直列四缸引擎上使用的十字形曲軸，這一點很重要，因此本段的重點都在十字曲軸上，不喜歡看原理的話，可以直接快捲到照片～
大部分文章都會說YAMAHA很有膽量，十字曲軸看起來比較難做，還敢把它用在量產車。但事實上，十字曲軸不是個新玩意兒，從以前到現在，絕大多數美式肌肉車的V8引擎，就是使用十字曲軸（註）。
簡單來說，使用十字曲軸的直列四缸引擎，引擎特性會近似於90°夾角的V4引擎，這也是R1這顆引擎聲音比較像V2、V4引擎聲的原因。不過因為十字曲軸震動比較大，需要掛一根大平衡軸，所以效率會比V4差一點點。
那十字曲軸有什麼優點呢？主要是運轉平順，震動比一般平面曲軸要小的多。平面曲軸的直列四缸引擎，兩顆活塞往上時，另外兩顆活塞就往下，但偏偏往上的力量跟往下的力量會不一樣，沒辦法互相抵銷，造成震動並干擾曲軸旋轉，這時你透過把手感受到的震動感，一部分是引擎點火時的脈衝，但也夾雜著曲軸旋轉的震動。
而十字曲軸每顆活塞的位置相差90°，剛好抵銷這些曲軸旋轉的震動，讓曲軸能比較平順地旋轉，你感受到的震動感，絕大部分都是引擎點火的脈衝，能你更容易掌握引擎的狀態。
更多關於震動的說明，可以參考本網誌另外一篇文章「汽機車四行程引擎介紹5：引擎的震動與平衡」（連結）。
使用十字曲軸，也代表著只能用不等間隔點火，畢竟曲軸每轉兩圈720°完成一個循環，直列四缸就是180°點一次火（720/4＝180），但十字曲軸活塞位置是相差90°，因此YAMAHA採用的點火間隔是270°-180°-90°-180° ，使得脈衝感更為強烈。YAMAHA還說這樣會讓後輪抓地力比較好，因為有一個比較長的點火空檔讓輪胎休息，不過一般人應該感覺不出來吧！
這不等間隔點火還造就了一個特色：引擎低沉的唱腔。不等間隔點火使得第3、第4缸的排氣會互相干涉，讓排氣有塞車的狀況，改變了引擎的唱腔，美式V8引擎也有同樣的特色與魅力。
R1這顆引擎有了十字曲軸加持，從此有了雙重人格，有直4引擎的高轉馬力，同時也有V4引擎清晰的動力脈衝感與唱腔，讓你更易於掌握引擎，更敢在彎中灌油門，讓YAMAHA特有的友善騎乘感再度發揚。
我覺得YAMAHA厲害的點不在於使用十字曲軸，厲害的是車重竟然只增加1公斤。要知道十字曲軸要有更高的強度，曲軸軸心直徑從32mm增加至36mm，還要多掛一根平衡軸，增加更多重量。同樣使用十字曲軸的美式肌肉車，轉速都拉不高，但R1照樣拉破萬轉。
重量更重的曲軸與平衡軸，連帶也要加強引擎結構，讓引擎變重，在這種情形之下，全車重量竟然只肥了1公斤，實在是減重達人
當然還有前面說到排氣塞車的問題，讓引擎進排氣效率都會有影響，但馬力竟然還比舊款多了兩匹馬！
只能說YAMAHA果然還是有幾把刷子！怪不得TOYOTA / Lexus很多經典名機都是出自YAMAHA之手。
註：
美式V8引擎多是使用十字曲軸，除了近期福特野馬Shelby GT350與GT350R，為了追求更高的轉速而改用平面曲軸。
歐洲車廠的V8則多是使用平面曲軸，例如狂得獎的Ferrari Tipo F136（自然進氣經典名作）與Tipo F154（渦輪引擎）引擎，只有少數如AMG M156引擎是使用十字曲軸。
首度應用在四缸量產機車上的十字形曲軸。